区域管理的第一个分支是区域的环境管理，这是从从1950年代就被重视的学科。区域环境管理，包括以环境管理为核心的可持续发展管理和面对区域特殊问题的区域减灾管理等。这个学科的发展形成了区域管理的一些核心理念，如环境与发展关系、生态管理、PRED协调等。区域环境管理的一个重要领域是资源管理，资源是环境也可以成为商品，因此它有公共物品的特征也有商品特征，区域环境管理往往围绕资源管理展开，既要经营好商品，也要治理好公共物品。

区域管理的第二个分支是城市管理。城市是一种特殊的区域，城市的人口集中、生态系统脆弱、社会经济发达，需要在PRED协调下实现管理。城市的管理还涉及特殊的技术问题，如城市工程管理、城市环境管理、城市人口管理。一般来说这里有一些技术问题，但是对支撑城市生态系统的供应链或者说生命线的管理，成为了一个专门的城市管理方向——城市运行安全管理。这里的生命线包括供应城市生态系统的物资能量流的技术系统的规划、控制、监测与组织（布局与调动）。城市管理的另一个重点是城市规划，规划是一种大型计划活动，是区域管理学的主要应用领域。

区域管理的另外一个学科是宏观经济管理。宏观经济管理的核心是制定经济增长、克服经济危机的政策，在1980年代，宏观经济管理关注如何实现弛管制（deregulation），2008年的经济危机使得凯恩斯主义复活，区域宏观经济管理更多地关注政府的宏观经济政策和社会安定问题。为了与区域对微观经济的具有强烈计划、控制色彩的管理分开，2008年的金融危机以来，人们常用管治（governance，有学者翻译为治理）称呼宏观经济管理活动。管治，从中文的构词意义看，为有管理，也有治理。在英文构词意义上，有政府的作用，也有社会合作的作用

宏观经济管理的一个特殊领域是区域知识管理，它是1990年代后新兴的领域。区域知识管理是对区域创新创业政策、技术政策、人力资本政策和区域创新支撑系统与创新环境建设与运行的管理。与区域的知识管理不同，企业知识管理侧重人才的拥有和技术的保密，区域知识管理侧重人才的流动和技术扩散。当然他们的共同目标是知识或技术的重新活动。

区域管理的一个综合形式是区域的公共管理。区域公共管理学是对区域公共事务的管理，包括公共事务规划、组织、行政等。区域公共管理的一种特殊形式是区域管治，与一般的公共管理不同，管治侧重区域的组织和控制，是区域管理的方法论范畴。区域公共财政管理是区域公共管理的另一项内容，一般说来，区域公共财政管理是区域政府的核心工作，它主要表现为经济学与管理学结合的财政学。由于它长期的发展形成了独立学科，狭义的区域管理不包括财政学。

为了科学地制定政策，在1980年代以来，在区域管理领域，政策模拟得到了发展。政策模拟就是通过建模、计算和情景分析来选择政策，这里说选择而不是说产生是因为政策模拟分析的政策不会有计算机自发产生，而是需要模拟前的情景方案设计，政策情景方案通过模拟计算得出对区域系统的冲击量，通过不同政策方案冲击结果的比较分析，获得不同政策情景方案的结果，按照某些对区域的利益目标，人们可以得到关于这些利益目标的最优政策方案，这就是现代意义下的政策情景分析。